Você não deve sudo instalar pacotes pip. Tente executar a instalação em um env virtual de Python ou em um envda env. E sem o sudo. Isso deve funcionar.
Estou tendo um problema estranho quando instalo uma biblioteca python, o xgboost, isso quebra o gerenciador de atualização.
cd && mkdir xgboost_install && cd xgboost_install && sudo git clone --recursive https://github.com/dmlc/xgboost && cd xgboost && sudo make -j4 && cd python-package && sudo python3.6 setup.py install
Isso cria uma pasta chamada xgboost_install e clona o repositório xgboost e cria e instala o módulo xgboost python.
No entanto, isso interrompe o atualizador de software se você tentou usar o atualizador de software após a instalação.
Script completo:
sudo apt-get -y update
sudo apt-get -y install python3.6
sudo apt-get -y install g++
sudo apt-get -y install libfreetype6-dev
sudo apt-get -y install python3.6-dev
curl --silent --show-error --retry 5 https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py | sudo python3.6
sudo pip3.6 install -U matplotlib
sudo pip3.6 install -U numpy
sudo pip3.6 install -U scipy
sudo pip3.6 install -U pandas
sudo pip3.6 install -U scikit-learn
sudo pip3.6 install -U lightgbm
sudo pip3.6 install -U plotly
sudo pip3.6 install -U jupyter
sudo pip3.6 install -U seaborn
sudo pip3.5 install -U keras
sudo pip3.6 install -U tensorflow
sudo pip3.6 install -U nltk
sudo pip3.6 install -U pillow
sudo pip3.6 install -U TFLearn
sudo pip3.6 install -U nose
sudo pip3.6 install -U coveralls
sudo apt-get -y install git
sudo pip3.6 install http://download.pytorch.org/whl/cu80/torch-0.1.12.post2-cp36-cp36m-linux_x86_64.whl
sudo pip3.6 install -U torchvision
cd && mkdir xgboost_install && cd xgboost_install && sudo git clone --recursive https://github.com/dmlc/xgboost && cd xgboost && sudo make -j4 && cd python-package && sudo python3.6 setup.py install
sudo apt-get -y update
sudo apt-get -y upgrade