Não com o ecryptfs AFAIK.
Mas se você usou um contêiner LUKS, você poderia usar um sistema de arquivos de compactação como o btrfs ou o zfs.
A desvantagem é que o LUKS precisa primeiro de um contêiner de tamanho fixo (arquivo / partição), portanto, se você conhecer os requisitos de espaço de antemão, poderá economizar espaço total.
Eu li sobre métodos para obter um tamanho variável ou expandir o arquivo LUKS usando arquivos contêineres da unidade virtual ...