Como o outro sistema tem controle sobre a letra do disco rígido externo, sim, isso pode mudar. Antes de iniciar a caixa virtual, você precisará alterar a letra da unidade de disco rígido no sistema operacional ou alterar as configurações na caixa virtual para mapear a letra da unidade de disco rígido diferente.
Eu tenho usado uma configuração assim por um tempo. Se você usar uma letra específica mais alta no alfabeto (não a próxima pré-designada, como D: ou E :), ela deve ser estável e intercambiável.