A maneira como você geralmente lida com esse problema é a maneira como lida com qualquer outra situação na qual deseja reverter para uma versão anterior de um arquivo: Backups incrementais.
A idéia aqui é que você só copia o arquivo quando o conteúdo é alterado. Para qualquer outra cópia do arquivo na mídia de backup, basta consultar uma revisão anterior. Isso permite que você volte a uma revisão anterior do arquivo se o atual acaba por ser corrompido, a idéia é claro que, se você não notar a corrupção no tempo, o arquivo provavelmente não era muito importante para começar com.
O rsync suporta isso (pelo menos no * nix) com o parâmetro de linha de comando --link-dest
.
Para que isso funcione bem, você também precisa de algo para limpar cópias antigas, o que o rsync não faz; você precisaria de algo mais para isso. Caso contrário, seu disco acabará sendo preenchido e você terá que excluir arquivos da mídia de destino manualmente.
E para responder à pergunta direta: o rsync não tem manipulação real de arquivos corrompidos. Ele provavelmente manipulará arquivos que não podem ser lidos, a menos que você os execute no modo de substituição local, mas não olhará para aquela imagem JPEG ou documento PDF e determinará que ela está malformada, fazendo com que ela pareça estranha quando renderizada . Isso não é apenas o seu trabalho.
Compare esta observação em uma resposta para Por que o RAID não é um backup? no Server Fault, por Jared Oberhaus :
Will a backup refuse to copy a corrupt file?
Mesmo que um backup copie dados corrompidos ou incorretos, o ponto de um backup é que você pode e deve ter várias cópias. Por exemplo, última hora, ontem, semana passada, etc. Você pode obter um efeito semelhante usando instantâneos giratórios em seu dispositivo de armazenamento.
e relacionados, nas palavras de Jörg W Mittag em outra resposta para a mesma pergunta, destacando a diferença entre redundância e backups:
If you accidentally overwrite your PhD thesis with garbage, redundancy ensures that you have multiple copies of garbage, in case one gets bad. A backup ensures that you can restore your PhD thesis.