Eu acredito que o que você pergunta é impossível sem programar essas janelas para se reposicionarem sobre uma mudança na ordem Z, ou para criar um programa de vigilância que faça isso por eles.
Aqui estão algumas ferramentas que lembram o arranjo das janelas e talvez possam redefinir a ordem Z de suas janelas, se ela for alterada (listada em nenhuma ordem específica):
Ou você pode usar sua própria ferramenta usando um AutoHotkey
script.
Aqui estão alguns exemplos para você começar:
- Salvando e restaurando o layout do Windows?
- É possível manter as configurações de vários monitores quando um monitor é desconectado
- Ordem z de controle da GUI
- Como obter o id da janela seguinte ou anterior na ordem Z