Tem a certeza de que o seu .profile é executado? De acordo com a referência de bash (/usr/share/doc/bash/bashref.pdf) operada com as configurações padrão, o bash somente o lerá quando não houver nenhum .bash_profile e nenhum .bash_login no seu diretório home (para shells de login interativo) e somente .bashrc para shells interativos não-login .
Portanto, ele deve ser chamado explicitamente dos outros se eles existirem e você quiser usá-lo.
Só para ter certeza, insira algo como echo "Hello .profile"
em .profile .