Ok, eu poderia ter resolvido isso.
No Schrödingers Terminal, que diz que estou em ~ Dokuments / PhD /, criei um arquivo de teste. Em um novo terminal, procurei por ele e ele foi encontrado em ./. Local / share / Trash / files / PhD /.
Eu deletei a pasta anteriormente, mas a substitui por uma versão mais nova. Parece que a exclusão de alguma forma levou o terminal para o lixo, sem dizer ao terminal que está no lixo. Estranho.