Eu também me deparei com esse problema. Minha solução requer o plugin "NppExec". Use este comando no console NppExec:
sci_sendmsg 2077 0 @"abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ1234567890-_"
Você perderá a capacidade de clicar duas vezes em palavras selecionadas, como "não pode", mas ao escrever um código que é um caso tão raro. Além disso, acredito que isso afeta outras funcionalidades de correspondência de palavras.
Para uma solução mais completa: Guardar este código como "StartupScript". • Vá para o NppExec "Advanced Options". • Defina o menu "Executar este script quando o Notepad ++ for iniciado" para "StartupScript".
Dica Pro: Você pode adicionar outros caracteres à string a serem incluídos na correspondência, como '$' para selecionar um nome inteiro de variável no PHP.
Edit: Acabei de perceber que este script é executado apenas no documento atual, portanto, clicar duas vezes em um documento diferente terá um comportamento indesejado. Quando eu descobrir uma maneira de aplicá-lo a todos os documentos, atualizarei minha resposta.