Primeiro, o aviso de isenção de responsabilidade, tem sido um tempo longo desde que eu fiz qualquer script CMD, e eu não tenho um host do Windows disponível para testar isso.
Dito isso, a maioria das ferramentas de linha de comando usa espaço para separar argumentos. Você pode evitar isso usando aspas duplas em torno de cada uso de %% A em seu script, que não são citados, por exemplo:
ffmpeg -i "concat:append/main.ts|append/%%A.ts" -c copy -bsf:a aac_adtstoasc -y append/%%A_output.mp4
se tornaria:
ffmpeg -i "concat:append/main.ts|append/%%A.ts" -c copy -bsf:a aac_adtstoasc -y "append/%%A_output.mp4"
Boa sorte, espero que isso realmente ajude.
Bob