Você pode trocar, por exemplo através de um armazenamento claud o arquivo newsrc, definindo o status de leitura dos artigos. É um arquivo de texto simples.
Você pode encontrar sua localização e nome em todas as instâncias de TB nas configurações da conta Usenet - Configurações do servidor - newsrc: location.
Editar: Caso o nome do arquivo newsrc não seja muito grande, você pode unificá-los e definir o novo nome nas configurações do servidor da conta. OU, você pode executar a renomeação do arquivo newsrc em um script de sincronização, por exemplo, durante o procedimento de sincronização automatizada.
Veja mais na minha discussão de 2014 sobre o mesmo tópico. mozilla.support.thunderbird ›Como sincronizar uma conta NNTP entre instâncias de TB
No caso de as instâncias de TB serem de plataforma cruzada, como Linux e Windows, verifique se cada plataforma recebe a terminação de linha esperada - LF para Linux, CRLF para Windows. Especialmente o Windows é exigente e não gosta de LF EOL neste caso.
Você pode usar os utilitários dos2unix e unix2dos, convertendo os formatos EndOfLine entre o Windows e o Linux / Unix. Existem binários do Windows e existem utilitários do Linux para o mesmo (mas eu já atingi o limite de 2 links para o post)