Veja este relatório de bug :
When using Midori with gtk3 enabled, Xfwm (Xfce 4.12) shows no window decorations around the Midori window. The gtk3 client side decorations are also missing, making it impossible to close and minimize the window without the task bar.
This only happens when the window is maximized. When the window is not maximized, the window decorations are shown, as expected.
Existe um patch anexado que já está confirmado. O problema deve desaparecer quando Midori 0.5.12 for lançado.
Estou usando o Gentoo e apliquei com sucesso o patch no meu sistema. Posso confirmar que isso resolve o problema.