Usar ppa's de terceiros é sempre um risco e não pode ser usado em todos os ambientes. Faça para se livrar do eclipse do apt-get que é antigo
sudo apt-get purge eclipse*
Pegue e extraia o tarball oficial na página inicial do Eclipse e faça
sudo mv eclipse /usr/local/
sudo chmod -R 755 /usr/local/eclipse
sudo chown -R root:root /usr/local/eclipse
sudo ln -s /usr/local/eclipse/eclipse /usr/local/bin/eclipse
eclipse
Configure os Java PATHs para o Eclipse. Então instale o JRE > = 7 e o Java PATHs corretamente em seu sistema para o Workbench 3
> Configuring your Java Run-time Environment (JRE) or Wolfram Engine installation are still both necessary on Linux. Further, the version of JRE used should be at least version 1.7
O problema .nb é causado pela configuração falsa do caminho Java no seu sistema / Mathematica.