Recebi uma resposta do serviço da Wolfram Premier. Eles forneceram o pré-lançamento do Wolfram Workbench 3, e recomendaram usá-lo no Ubuntu 16.04 ao invés do Workbench 2. Abra o arquivo .nb novamente e você terá um erro similar
/usr/local/Wolfram/Mathematica/9.0/Executables/Mathematica
como na captura de tela do corpo. Eu acho que o Wolfram Workbench não suporta arquivos de notebook. Eu acho que o caminho deve ser 10.0 lá, mas por alguma razão, eles permanecem lá 9.0.