Resposta curta - não. (Não de dentro do notepad ++)
Novas linhas (de dados) podem ser adicionadas à parte inferior dos arquivos. Isso é feito a partir da linha de comando, digitando algo semelhante a:
type c:\newdata\example1.txt >> c:\historicaldata\example1.txt
O comando acima adicionará o conteúdo de C: \ newdata \ example1.txt ao final de C: \ historicaldata \ example1.txt.
Aviso:
Observe o uso de double > > - Isso garante que irá adicionar no final do arquivo.
Se você usa apenas um único > - Isso irá substituir o conteúdo do arquivo de destino.
Remoção duplicada - você precisa remover manualmente ou verificar este site para várias respostas possíveis: link para usar a regex procurando por linha duplicada encontrar.