Eu encontrei esse mesmo problema hoje com uma nova instalação do Windows Server 2016 no ESXi 6.00 Build 3620759. Mesmo thread ntoskrnl.exe! SeAccessCheckEx usando 50% cpu (ou 100% de uma cpu, dependendo do seu ponto de vista)
Numerosas reinicializações não corrigiram o problema.
O convidado foi definido para 6 GB de RAM e 1 soquete virtual com 2 núcleos por soquete.
Eu modifiquei para 8 GB de RAM com 2 soquetes virtuais e 2 núcleos por soquete, e o problema desapareceu.
Alterou o processador de volta para 1 soquete / 2 núcleos por, problema ainda desapareceu.
RAM alterada de volta para 6 GB, CPU esquerda em 1socket / 2cores por, o problema volta!
RAM alterada até 8 GB novamente, CPU esquerda em 1 socket / 2cores por, problema desaparecido novamente.
Então ... parece que 6 GB para esta VM causam alguns problemas. Não sei porquê.
Espero que isso ajude alguém.