Isso ocorre porque o sistema de arquivos é mostrado como ainda em uso pelo Windows (já que ele ainda teria sido aberto) - assim, o sistema de arquivos é mostrado como não limpo, e a limpeza pode causar danos quando o Windows next boots e tenta acessar um sistema de arquivos que, se modificado pelo Linux, estará em um estado inesperado.
(Consulte o Aviso aqui - que afirma: Após a hibernação, será impossível acessar a unidade de disco inicializando a partir de uma mídia externa como CDs inicializáveis do Linux.No modo de hibernação, o NTFS marca o status "em uso" do disco rígido, impossibilitando que outros sistemas operacionais montem o disco rígido. drive.)