Eu estava tendo o mesmo problema com o YUMI, mas consegui fazê-lo funcionar muito fácil. Eu li uma postagem usando um instalador USB diferente que não suportava multi-boot, e modifiquei um pouco para ligar ao diretório da pasta de inicialização do Kali e funcionou.
É muito simples:
mkdir /media/usb
mount -t vfat /dev/sba1 /media/usb
mount --bind /media/usb/multiboot/kali-linux-2016.2-amd64 /cdrom
e é isso.