Esta é uma observação correta. Dispite estando em unidades diferentes, a transferência ainda é (provavelmente) manipulada pelo mesmo controlador SATA e ainda está sendo processada pela CPU. Junto com isso, o Windows ainda está fazendo algum processamento dos arquivos (coisas como cálculos de permissão, verificações de vírus, etc.).
Poderia haver algumas maneiras de melhorar isso, pelo menos um pouco. Algumas placas-mãe têm vários controladores SATA para dividir a carga (não é dinâmico, é baseado em qual controlador a unidade está conectada), isso pode causar os mesmos problemas se o disco do sistema operacional estiver no mesmo controlador ou pode melhorar algumas coisas dizem que um controlador está lendo, enviando os dados para o North Bridge (eu acredito que é o norte neste caso) e então para o outro controlador onde a escrita seria manipulada, ao invés de ler e escrever no mesmo, mas eu não estou 100% nisso.
Também seria mais rápido se estivesse no mesmo disco, pois o MBR apenas atualizaria os ponteiros para os dados.
Editar: você também pode ver alguma melhoria no uso da linha de comando do windows e do comando robocopy. Este é um pouco menos de carga, e dependendo do que você está fazendo, você poderia usar alguns sinalizadores para reduzir os cálculos necessários (permissões, verificação de erros, etc)