Por vários motivos, ntpd não gosta de corrigir grandes discrepâncias de tempo de uma só vez. O que faz em vez disso é slew do relógio suavemente, mas isso, por sua vez, significa que ele vai se recuperar muito lentamente.
Na verdade, o Manual afirma:
-x
Normally, the time is slewed if the offset is less than the step threshold, which is 128 ms by default, and stepped if above the threshold. This option sets the threshold to 600 s, which is well within the accuracy window to set the clock manually. Note: Since the slew rate of typical Unix kernels is limited to 0.5 ms/s, each second of adjustment requires an amortization interval of 2000 s. Thus, an adjustment as much as 600 s will take almost 14 days to complete....
Minha sugestão é que você sincronize o relógio manualmente com date , como segue,
date -s "7/27/2016 07:07:00"
e, em seguida, verifique se ntpd é capaz de trazer, lentamente, a discrepância para apenas cerca de zero.