NP ++ não é o culpado.
Tente substituir diretamente o HTML da página usando o console do Chrome:
document.open();
document.write("<?php echo 'egfwe'; ?>")
document.close()
Ele se transforma em um comentário, sem ser tocado pelo NP ++, porque essas tags não são HTML válidas. Isso ocorre porque, para executar o código PHP, você precisa de um servidor real para executar o código (já que o PHP é um script do lado do servidor). Basta carregá-lo do seu sistema de arquivos não funcionará.
Dê uma olhada aqui: link