Infelizmente, você não descreve qual tipo de Linux você está usando, mas o bash pode ser um bom ponto de partida. Quando uma instância do EC2 está sendo iniciada, os dados do usuário serão executados e a variável estará disponível somente durante essa sessão.
Se você quiser usar variáveis ENV, poderá implementá-las em .bashrc da raiz (ou nesse usuário .bashrc , que executará o aplicativo de terceiros). Se você quiser variáveis ENV do sistema, você deve implementá-las em /etc/profile ou /etc/environment/ . Inclua as variáveis em seu script bash de dados do usuário assim: echo KEY=VALUE >> /etc/environment
Você pode tentar este artigo / howto também, com mais exemplos.