O CHKDSK não faz alterações no disco até que a verificação seja concluída, e quaisquer alterações feitas no disco são especificamente declaradas pelo CHKDSK após a conclusão da verificação.
Para ficar do lado seguro, você deve executar novamente o CHKDSK (para concluir desta vez) o mais rápido possível para garantir que não haja nada corrompido no disco e para não agravar qualquer dano presente no disco.
Em TechNet :
Interrupting chkdsk is not recommended. However, canceling or interrupting chkdsk should not leave the volume any more corrupt than it was before chkdsk was run. Rerunning chkdsk checks and repairs any remaining corruption on the volume.