Vou postar uma resposta, mas não tenho certeza se está correto porque não estou realmente qualificado para construir kernels ...
O seguinte pode ser adicionado a /etc/genkernel.conf
:
CONFIG_BUILD_DOCSRC="n"
Parece que produz os resultados esperados:
(chroot) Gentoo-2012 / # genkernel all
* Gentoo Linux Genkernel; Version 3.4.52.3
* Running with options: all
* Using genkernel.conf from /etc/genkernel.conf
* Sourcing arch-specific config.sh from /usr/share/genkernel/arch/x86_64/config.sh ..
* Sourcing arch-specific modules_load from /usr/share/genkernel/arch/x86_64/modules_load ..
* Linux Kernel 4.1.15-gentoo-r1 for x86_64...
* .. with config file /usr/share/genkernel/arch/x86_64/generated-config
* kernel: Using config from /usr/share/genkernel/arch/x86_64/generated-config
* Previous config backed up to .config--2016-03-14--02-25-26.bak
* kernel: >> Running mrproper...
* >> Running oldconfig...
* kernel: >> Cleaning...
* >> Compiling 4.1.15-gentoo-r1 bzImage...
...