Sim, o apt-cacher-ng funciona bem com várias arquiteturas. Eu nunca notei nenhum problema de usá-lo com várias arquiteturas, nem quaisquer opções de configuração relacionadas a isso. Eu suspeito que não é mencionado na documentação porque simplesmente funciona. Meu sistema armazenou arquivos .deb em cache de várias arquiteturas no momento, e tenho certeza de que estou usando a configuração padrão.