Eu tentaria alterar a linha exec em /usr/share/applications/thunderbird.desktop para executar o binário em sua pasta pessoal (por exemplo, /home/username/bin/tunderbird ). Espero que thunderbird.desktop seja o nome de arquivo correto.
Ou você cria um link simbólico /usr/bin/thunderbird to /home/username/bin/thunderbird . Com o link simbólico, você também pode iniciar sua versão do thunderbird a partir do Konsole.