Para 11.04 e mais recentes
Use o compizconfig-settings-manager sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
de um terminal (CTRL + ALT + T), então execute-o a partir do painel, apenas abra dash e digite ccsm e então vá para o plug-in do Unity e aí você pode escolher a opacidade do painel para 0. É o melhor que posso sugerir sem desativar o compiz e, portanto, a unidade.