A resposta curta é Yes
. A resposta longa é que isso não importa, porque é um disco virtual, não real, em cima de um sistema de arquivos em cima de um SSD. Neste caso, você está modificando um arquivo que está sendo modificado de qualquer forma simplesmente ligando a VM.
A única razão pela qual eu pensaria em dizer que você não deve desfragmentar um SSD é por causa de todos os movimentos de dados que o acompanham. Os SSDs tendem a usar todo o espaço porque existe um número específico de tempo que você pode escrever em cada bit. A desfragmentação movimentará muitos dados usando os setores SSD.