Tendo o mesmo problema estranho aqui. O que tem provado o tipo de trabalho para mim na El Cap é usando o botão verde fullscreen no canto superior esquerdo primeiro (cria basicamente um desktop preto com controles VLC nele) e depois CMD + F duas vezes quando em tela cheia VLC (coloca o conteúdo dentro e os controles no topo). Para voltar ao modo de janela CMD + F, mude para outro desktop, volte ao VLC de tela inteira e clique novamente no botão verde de tela cheia ... Um pouco complicado e certamente irritante. parece que a interface VLC não respeita a maneira como o Mac OS lida com a tela inteira agora. De qualquer forma, espero que a solução funcione para você. Você ainda pode criar uma segunda área de trabalho, como os comentaristas antes de mim sugeriram, provavelmente seria mais fácil.