Por que existe uma diferença e qual é a diferença?
Se você tiver alterado o ambiente (por exemplo, alterando o Path após a instalação do doxygen ), qualquer nova instância de um shell cmd escolheria o novo ambiente.
Por outro lado, explorer precisará ser reiniciado para pegar o novo ambiente (já que herda o ambiente passado a ele quando foi iniciado).
Se você executar set nos dois shells de comando diferentes (um iniciado no menu Iniciar e outro em "Abrir janela de comando aqui"), você verá a diferença (antes e depois das alterações) nos dois ambientes).
Espero que você ache que doxygen está no Path para um e não para o outro.