Acabei resolvendo isso inicializando com o CD do Windows, apagando a entrada do bcd e, em seguida, recriando-a. Estou assumindo que algo deve estar errado com isso, causando esse problema.
Nas duas últimas inspeções internas, tive que gravar o ISO em um disco e limpar a instalação para instalá-lo; caso contrário, ele é inicializado normalmente após a reinicialização 'restart' do Windows, ou quando a configuração é executar a partir do ISO, enquanto logado no Windows.
A última vez que limpei a instalação, mas como aconteceu novamente, prefiro encontrar uma correção.
Aqui estão os meus dois arquivos de registro de configuração,
setuperr.log: link
setupact.log: Grande demais para fazer upload para o gist / pastebin
Eu tentei minhas correções normais ou desconectei todas as unidades e as executei a partir do setup.exe em uma ISO enquanto estava logado, mas sempre tenho o mesmo problema.
Obrigado