O gcc está instalado? Eu concordo que você precisa dos cabeçalhos de desenvolvimento do kernel para recompilar as extensões, mas você também precisa do compilador.
Você pode descobrir com: yum list gcc
As instalações mínimas do CentOS não incluem um compilador e a instalação dos cabeçalhos do kernel não requer um. Então, as pessoas que fazem uma instalação padrão de "desenvolvedor" não teriam problemas, mas aquelas que fazem um mínimo sempre teriam um problema.