A maneira mais fácil seria criar /root/.my.cnf file (não se esqueça de chmod 0600 ) com este formato:
[client]
user=root
password=rootpass
Se você estiver fazendo algo e não puder ter o arquivo em /root/.my.cnf , deverá criá-lo como filename.cnf e depois invocar o MySQL com --defaults-file da seguinte forma:
mysql --defaults-file=/root/squirrellyfiles/filename.cnf