Os próprios aplicativos definem o ícone e não precisam ser baseados no Tema GTK. O Firefox, por exemplo, codifica a imagem do ícone. Alguns aplicativos permitem que ele seja fornecido em seus arquivos rc.
Para zathura, você pode alterar ~ / .config / zathura / zathurarc
set window-icon /full/path/to/image
Para o Termite você pode mudar o ~ / .config / termite / config
[options]
...
icon_name = terminal
...
Há também esta bela ferramenta chamada xseticon