Você está basicamente perguntando se um hypervisor Tipo 1 ou Tipo 2 é melhor.
I’ve heard people refer to Hyper-V as a 'type 1' VM host that runs direct on the hardware
O que isso significa é que o Hyper-V já está executando uma VM assim que a instalação é concluída - seu sistema operacional existente. Portanto, você tem uma HV Tipo 1, sua VM principal do SO e outra VM do SO.
Por outro lado, instalar um aplicativo de virtualização no sistema operacional existente não introduzirá outra camada entre o sistema operacional existente e o hardware. Mas o sistema operacional convidado será um pouco mais lento.
É difícil dizer com certeza como o VMWare ESX, por exemplo, e o Hyper-V são produtos diferentes e podem ter um desempenho diferente em determinados cenários. Provavelmente, é mais importante, se o desempenho for uma preocupação, fornecer à sua VM seu próprio disco, para que ela não interfira no sistema operacional host e garanta que ela tenha bastante memória RAM e núcleos de CPU virtual.