Da aparência, esse programa não é responsável por todo o uso do disco. Como o Ramhound disse, você pode precisar executá-lo como administrador para contar tudo.
Algumas coisas que eu aposto que não contam são a pasta AppData e outras pastas relacionadas aos arquivos cache / temp. Seu Windows Explorer está no caminho um pouco, então não consigo dizer o que significam o restante das fatias do gráfico de pizza.
Você pode executar algo como CCleaner para limpar muitos arquivos temporários e de cache. Dependendo de quanto tempo passou desde que você executou algo assim, ele pode limpar vários GB. Uma vez eu limpei o PC de alguém e o CCleaner limpou 60 GB de arquivos temporários.
No geral, eu acredito e acredito no que o Windows diz antes de acreditar em algo como o JDiskReport. De todos os anos em que tenho trabalhado com computadores, nem uma vez me lembro de onde o Windows estava totalmente desligado quanto espaço em disco está sendo usado.