Seus nomes de arquivos provavelmente contêm espaços.
Adicione o parâmetro "tokens = *" para puxar a linha inteira (em vez de delimitada por um espaço). Além disso, você também precisará cercar o nome do arquivo de saída com aspas duplas.
FOR /f "tokens=*" %%A IN (foldersTemp.txt) DO ffmpeg -i %%A -vf fps=1/200 "%%Athumb%%04d.jpg"