Hoje tive o mesmo problema: Servidor com raspbian (uníssono 2.40) e dois clientes (Ubuntu 14.04 / uníssono 2.40 e Ubuntu 16.04 / uníssono 2.48).
Por causa do raspbian, eu não consegui (facilmente) atualizar para o 2.48 no servidor. Mas copiar os 2.40-binários do Ubuntu 14.04 para o Ubuntu 16.04 funcionou:
ubu1604# cd /usr/bin; sudo scp -p ubu1404:/usr/bin/unison-2.40.102* .
Você pode então chamar unison-2.40.102
direct, ou alterar os links /etc/alternatives/unison*
para os respectivos binários.
Editar:
Após a atualização de 14.04 para 16.04 no meu segundo computador, tive novamente o problema, e obtive e instalei o arquivo .deb, graças ao kay_D.
Mudar apenas os links em / etc / alternatives não foi suficiente, já que o arquivo repective .desktop chamou o unison binary diretamente. Então eu mudei /usr/share/applications/unison-gtk.desktop
Exec=unison-gtk
(Às vezes eu prefiro chamar programas não de um terminal, mas do menu)