Sim, você pode usar vários programas analíticos. Utilizamos o Google Analytics e a análise de ocorrências sem problema (eu sou o dev na Hit Analysis).
O problema de rastrear visitantes não é fácil - e, portanto, os resultados nunca são precisos. As pessoas têm segurança na Internet, navegador diferente, configurações diferentes do navegador, ativação ou desativação do JavaScript, cookies ativados ou desativados, a lista continua e continua.
É por isso que muitos especialistas em análises dizem que você deve sempre usar mais de um programa. Espero que isso lhe proporcione uma visão mais equilibrada.