Você terá problemas se o fedora estiver na partição principal e o Windows na partição secundária.
Atualizar para o Windows 10
Primeiro, você precisa desinstalar o grub do MBR, senão o Windows Update não poderá gravar nele. Você pode usar o MBRFix para fazer isso. Supondo que você tenha 1 unidade:
MbrFix /drive 0 fixmbr /win7
Na próxima reinicialização, você verá apenas "Sistema operacional ausente".
Você tem então que definir o rótulo boot na sua partição secundária, é fácil fazê-lo usando o gparted de um Fedora Live USB. De agora em diante, sua partição primária ficará completamente invisível e você poderá atualizar
Restaurando o Grub
Quando a atualização estiver concluída, você pode inicializar com o Live USB novamente. Coloque de volta o rótulo boot na sua partição de inicialização (que você precisa montar depois), e execute a instalação do grub usando-o como diretório raiz:
grub2-install --root-directory=/run/media/22cd34deff355e32674 /dev/sda
Além disso, anote quais são os nomes dos seus lvms e reinicie:
lvm
lvscan
Na reinicialização, o grub será iniciado no modo de console. Você precisa inicializar no nível de execução 3, especificando a raiz do LVM:
set root=(hd0,0)
linux vmlinuz-4.1.7-etc ro root=/dev/mapper/lv_root 3
initrd initram-4.1.7-etc
boot
Finalmente, depois de fazer login como root, reconstrua a configuração e instale novamente:
grub2-mkconfig -o /boot/grub2/grub.cfg
grub2-install /dev/sda