Para abrir um arquivo com um programa específico em um diretório diferente do diretório de trabalho atual, coloque o comando usado para abrir primeiro o arquivo e, em seguida, o caminho para o arquivo. No seu caso:
subl break/main.cpp
Você também pode usar um caminho absoluto, que funcionará independentemente do diretório de trabalho atual
subl ~/Desktop/break/main.cpp
Você pode usar curingas no caminho. Por exemplo, eu tenho um arquivo em
/home/zanna/Dropbox/Writings/journal02/Capoeira
Eu abro assim:
vim ~/Dr*/Wr*/j*2/Cap*
Se você costuma abrir um arquivo específico com um programa específico, pode criar um alias para abri-lo
alias capedit='vim ~/Dropbox/Writings/journal02/Capoeira'
Como @Serg sugerido você também pode fazer um link simbólico para um arquivo enterrado em uma árvore de diretórios para torná-lo mais acessível
ln -s ~/Dropbox/Writings/journal02/Capoeira ~/new-writing/Capoeira
Agora posso apenas
vim ~/new-writing/Capoeira