Geralmente, as unidades formatadas com o Windows NTFS são bastante imunes a problemas de fragmentação até chegarem a menos de 10% livres.
Na verdade, há muitas pessoas que consideram que o NTFS realmente é executado mais rapidamente com um nível de fragmentação. No entanto, se você perceber um aumento repentino, será porque não há espaço suficiente para lidar com as atualizações de dados sem muita mudança.
Libere mais espaço e desfragmentação e o problema deve desaparecer.