Não há maneira absolutamente certa de descobrir. Como pode haver algum software instalado em seu sistema, isso sempre rastreia suas ações.
Mas você pode descobrir se o seu tráfego passa pela VPN.
Basta visitar whatsmyip.org com e sem VPN e comparar. Se é o mesmo IP, parece que seu tráfego não é afetado pela vpn.
Se é diferente, está passando pela sua vpn.