Eu tive um problema semelhante e acabei fazendo isso:
- Faça backup de toda a VM no disco rígido externo. Isso é simplesmente copiando a pasta que possui todos os arquivos VHD para uma pasta de backup, juntamente com as configurações da VM.
- Exclua todos os instantâneos que eu não queria usando o Gerenciador do Hyper-V. Isso removeu todos os arquivos de instantâneos.
Mesmo se você acha que pode não precisar do backup, sugiro fazer o backup, pois às vezes a remoção de instantâneos pode falhar. Meu plano é restaurar esses arquivos se eu precisar restaurar um instantâneo.