O que significa "oculto" é exatamente o que você observa, que você não pode ver sua GUI e não tem presença na barra de tarefas.
O nircmd da Nirsoft permite ocultar, mostrar e ativar janelas em execução. Use nircmd win show para revelar uma tarefa oculta ou nircmd win activate para mostrá-la e trazer para o primeiro plano.
Acho as janelas ocultas mais úteis para arquivos de lote em segundo plano, que normalmente seriam exibidos com uma entrada da barra de tarefas. Se você quiser interagir com uma tarefa, não a oculte.