Você deve conseguir criar uma macro (ou um script do PowerShell em 2012+) que faça as alterações desejadas. Eu não tenho uma versão funcional do VS 2010 agora para testar, mas algo como isto deve funcionar:
Sub ClearBindings()
Dim cmd As Command
Dim props As EnvDTE.Properties = DTE.Properties("Environment", "Keyboard")
Dim prop As EnvDTE.Property
' Because you cannot programmatically change the default keyboard
' mapping scheme settings, you must first make a copy of the
' Default Settings for the Keyboard Mapping Scheme.
prop = props.Item("SchemeName")
' Sets the Scheme property value to a new keyboard scheme.
' This saves the old keyboard mapping scheme and allows you
' to add new key mappings.
prop.Value = "%LOCALAPPDATA%\Microsoft\VisualStudio.0\NoKeyBindings.vsk"
For Each cmd In DTE.Commands
cmd.Bindings = ""
Next
End Sub