Clonezilla é grátis, é feito a partir do USB e faz exatamente o que você quer. Ele permitirá que você clone discos inteiros ou apenas partições e é bem rápido também. Além disso, ele pode criar discos de imagem, permitindo que você faça backup e restaure rapidamente um instantâneo do sistema, caso esteja pensando em fazer algo drástico em seu sistema. Handy!