A bateria está lá para manter o relógio funcionando. As configurações no novo BIOS FLASH podem ser armazenadas em memória flash não volátil dentro dos chips do BIOS e a extração da bateria não as redefine.
A maneira correta de redefinir o BIOS é programá-lo para redefinir e isso implica seguir o manual. Use uma capa de jumper para diminuir os pinos CLR_CMOS.
(Na sua placa-mãe, esses pinos estão entre o chip ITE e os pinos do painel frontal)