Encontrei a resposta há um tempo atrás e lembrei-me de fazer esta pergunta, então aqui está o que eu encontrei: wpa_gui usa a interface de controle do wpa_supplicant (/ var / run / wpa_supplicant) para interagir com ela. Então, para wpa_gui controlar wpa_supplicant, você precisa localizar o arquivo de serviço DBus do wpa_supplicant e modificá-lo adicionando as opções -u (enable DBUs interface) e -O (override ctrl_interface parameter para novas interfaces).
No meu caso, eu tenho dois arquivos de serviço localizados em / usr / share / dbus-1 / system-services, eles são: fi.w1.wpa_supplicant1.service e fi.epitest.hostap.WPASupplicant.service. Eu alterei a variável Exec nesses dois arquivos da seguinte forma:
Exec=/sbin/wpa_supplicant -u -O/var/run/wpa_supplicant
Veja a documentação do wpa_supplicant referente à interface de controle do DBus: link