Com base na sua explicação, suponho que o problema esteja no conector ou no controlador de unidade. A resposta provável é a unidade; é muito mais complexo, então mais coisas podem dar errado. A vibração pode agravar quaisquer problemas que sua unidade possa estar tendo, ou pode ser apenas uma coincidência que ela tenha começado a falhar nessa época. Normalmente, os cabos SATA se encaixam bem. Mas pela sua menção específica de uma bandeja, eu me pergunto se há um cabo indo diretamente para a unidade, ou se é uma daquelas bandejas removíveis.
Se é uma daquelas bandejas com um backplane (a coisa que se conecta ao drive, com a eletrônica redirecionando os plugues do cabo), eu tentaria sair da bandeja por um tempo (como você está agora). Se o problema desaparecer, você sabe que sua bandeja está ruim. Se é apenas o tipo de bandeja que embala uma unidade, e seu cabo SATA está conectado diretamente à unidade, e a única coisa que mudou é a situação de montagem, eu apostaria que a unidade em si está falhando. Além disso, experimente com uma linha de energia diferente da sua PSU.
Além disso, eu tive esse problema com alguns dos WD Drives mais baratos e mais lentos no passado. Eu, mas um monte de externos, e WD especificamente parece sair intermitentemente precedendo uma falha completa da unidade. Por mais frustrante que seja, na verdade eu comecei a apreciar o sinal "revelador" de um fracasso que se aproximava.
Finalmente, acho que você está fazendo a coisa certa. Volte a unidade para cima e saia da bandeja. Se as mesmas coisas acontecerem, troque seus cabos SATA. Se a mesma coisa acontecer, você pode ter certeza de que é a unidade. Se eu posso ser tão ousado, parece que o drive está girando, e uma vez que entra em baixo consumo de energia, ele cai fora do sistema. A reinicialização dispara um spinnup com o sistema, e ele o gerencia e mostra o backup, mas depois de um tempo, ele entra no modo de baixa energia e sai novamente. Apenas uma explicação possível, além do cabo.
Boa sorte!