Depois de algumas respostas aqui, percebi que não há solução fácil com o cliente nativo do OneDrive. Eu encontrei muitas sugestões de WebDav e Robocopy - mas parece muito complicado. Eu acabei usando Symbolic Link (comando mklink) e funcionou como um charme - este post foi o mais útil.
Outra opção poderia ter sido um cliente de terceiros que faz um trabalho melhor do que o OneDrive, fornecer a seleção de pastas que estou procurando e, em seguida, apenas sincronizá-lo com o OneDrive por meio de sua API. No entanto, eu estava feliz com o mklink, então não pesquisei mais.